Eilert giftet seg med Anne Margrethe Henriksdatter Lindstrup. Anne (datter av Henrik Larsen Lindstrup og Anne Torsteensdatter) ble født 19 Apr 1810, Kristiansand, Vest Agder; ble døpt 20 Apr 1810, Kristiansand, Vest Agder; og døde 16 Apr 1889, Oslo; ble begravet 24 Apr 1889, Gamlebyen Gravlund, Oslo, Norge. [Gruppeskjema]

1. Edvard Albert Emil Prydz ble født 24 Jul 1842, Rikshospitalet, Fødselsstiftelsen, Oslo; ble døpt 4 Jul 1842, Rikshospitalet, Fødselsstiftelsen, Oslo; og døde Ja, ukjent dato.